Die Arbeit der Alpenkonvention ist auf mehrere Organe aufgeteilt. Jedes davon ist für spezifische Aspekte der Konvention verantwortlich. Gemeinsam tragen sie zu der Umsetzung der Konvention bei.
Das hochrangigste Gremium der Alpenkonvention ist die „Konferenz der Vertragsstaaten“, die als Alpenkonferenz bezeichnet wird. Die verantwortlichen Ministerinnen und Minister der Vertragsparteien und deren Delegierte treffen einander hierbei in der Regel alle zwei Jahre. Der Vorsitz wird von der Vertragspartei geführt, die zu dem Zeitpunkt die Präsidentschaft der Alpenkonvention innehat. Als politisches Entscheidungsgremium diskutiert die Alpenkonferenz die Zielvorgaben und entwickelt die politischen Maßnahmen zur Umsetzung der Alpenkonvention.
Der Ständige Ausschuss der Alpenkonferenz ist eingerichtet als ausführendes Organ und tagt in der Regel zwei Mal im Jahr. Der Ständige Ausschuss besteht aus hochrangigen Delegierten der Vertragsparteien. Vertreterinnen und Vertreter anderer Institutionen und Nichtregierungsorganisationen nehmen an den Treffen des Ständigen Ausschusses als Beobachter teil.
2002 wurde das Ständige Sekretariat der Alpenkonvention eingerichtet. Als operative Einrichtung der Alpenkonvention übernimmt es unter anderem folgende Aufgaben: administrative und technische Unterstützung zur Umsetzung der Konvention und ihrer Protokollen, Öffentlichkeitsarbeit, Unterstützung wissenschaftlicher Informationen über die Alpen sowie das Alpenbeobachtungs- und informationssystems (ABIS). Das Ständige Sekretariat hat seinen Hauptsitz in Innsbruck und eine Außenstelle in Bolzano/Bozen. Ein/e GeneralsekretärIn ist als LeiterIn des Ständigen Sekretariats bestimmt.
Thematische Arbeitsgremien (Arbeitsgruppen und Beiräte) werden von den einzelnen Vertragsparteien, also den acht Alpenstaaten, geleitet, wobei der Vorsitz auch zwischen zwei dieser Parteien geteilt werden kann. Die Gremien setzten sich aus Expertinnen und Experten zusammen, die von den Vertragsparteien ernannt werden. In der Regel arbeiten die thematischen Gremien an der Erfüllung von Mandaten, die jeweils bei der Alpenkonferenz beschlossen wurden. Die Gremien können von der aktiven Beteiligung von Beobachterorganisationen stark profitieren.