Les missions de la Convention alpine sont réparties entre plusieurs organes. Chacun d'entre eux est responsable d'un aspect spécifique de la Convention et ensemble, ils contribuent à sa mise en œuvre.
La Conférence des Parties contractantes, plus connue comme Conférence alpine, est l’organe suprême de la Convention Alpine. Elle rassemble, en général tous les deux ans, les ministres responsables des Parties contractantes et leurs délégations, sous l’égide de la Partie contractante qui assure la Présidence de la Convention. En tant qu'organe de décision politique, la Conférence alpine délibère sur les objectifs et définit les actions stratégiques à mener pour la mise en œuvre de la Convention alpine.
Le Comité permanent de la Conférence alpine est l’organe exécutif et se réunit régulièrement (en règle générale deux fois par an). Il est composé des hauts-fonctionnaires mandatés par les Parties contractantes. Les représentants d’institutions et d’ONG participent à titre d’observateurs à ses réunions.
Le Secrétariat permanent de la Convention alpine a été institué lors de la Conférence alpine de 2002. Le Secrétariat permanent est le bras armé de la Convention et a notamment pour rôle d’apporter son soutien technique et administratif aux organes de la Convention alpine, d’organiser l’information du public, de coordonner les projets de recherche et de gérer le Système d’observation et d’information des Alpes (SOIA). Le Secrétariat permanent a son siège principal à Innsbruck (Autriche) et possède un bureau annexe à Bolzano/Bozen (Italie). L’équipe du Secrétariat permanent est dirigée par le/la Secrétaire général/e de la Convention alpine.
Les Organismes de travail thématiques (Groupes de travail et comités consultatifs) sont présidés par une des Parties contractantes (la présidence peut également être partagée entre deux de ces Parties) et formés d’experts nommés par chacune des Parties contractantes. Ces organismes sont généralement mandatés pour une période de deux ans et bénéficient également de la participation active de différentes organisations observatrices.