Il lavoro della Convenzione delle Alpi è diviso tra diversi organi. Ciascuno di essi è responsabile di un aspetto specifico della Convenzione e, tutti insieme, contribuiscono alla sua attuazione.
L'organo supremo della Convenzione delle Alpi è la Conferenza delle Parti contraenti, chiamata anche Conferenza delle Alpi. I Ministri responsabili delle Parti contraenti ed i loro delegati si riuniscono di norma ogni due anni. Le loro riunioni sono presiedute dalla Parte contraente che esercita la Presidenza della Convenzione. In qualità di organo politico e decisionale, la Conferenza delle Alpi discute gli obiettivi della Convenzione delle Alpi e ne determina le misure politiche per l'attuazione.
Il Comitato permanente della Conferenza delle Alpi è l’organo esecutivo che si riunisce di norma due volte all'anno. Il Comitato permanente è composto da alti delegati delle Parti contraenti. Rappresentanti di altre istituzioni e ONG partecipano alle riunioni del Comitato permanente in qualità di Osservatori.
Nel 2002 la Conferenza delle Alpi ha istituito il Segretariato Permanente della Convenzione delle Alpi. In qualità di braccio operativo della Convenzione, i suoi compiti principali consistono nel fornire supporto amministrativo e tecnico per l'attuazione dellaConvenzione e dei suoi Protocolli, nel gestirne le pubbliche relazioni, nel sostenere la ricerca e l'informazione scientifica sulle Alpi tramite il Sistema di Osservazione e Informazione sulle Alpi (SOIA). Il Segretariato Permanente ha sede a Innsbruck e una sede distaccata a Bolzano, ed è coordinato da un/una Segretario/a Generale.
I Gruppi di lavoro tematici (gruppi di lavoro e comitati consultivi) sono presieduti da una presidenza (la presidenza può essere condivisa anche tra due della Parti contraenti) e si compongono da esperti nominati dalle Parti contraenti. I Gruppi di lavoro operano di norma nell'ambito di mandati biennali e possono contare sulla partecipazione attiva delle organizzazioni con status di osservatori.