Delo Alpske konvencije je razdeljeno med več organi, vsak pa je zadolžen za specifičen vidik Konvencije in vsi skupaj prispevajo k njenemu izvrševanju.
Najvišji organ Alpske konvencije je Konferenca pogodbenih strank, imenovana tudi Alpska konferenca. Odgovorni ministri pogodbenic in njihovi delegati se navadno sestanejo vsaki dve leti. Srečanju predseduje pogodbenica, ki trenutno predseduje Konvenciji. Kot politično odločevalno telo Alpska konferenca razpravlja o ciljih in sprejema politične ukrepe za izvrševanje Alpske konvencije.
Stalni odbor Alpske konvencije je izvršilno telo in se navadno sestane dvakrat letno. Predstavniki drugih organizacij in NVO se sestankov Stalnega odbora udeležijo kot opazovalci.
Leta 2002 je Alpska konferenca ustanovila Stalni sekretariat Alpske konvencije. Glavne naloge tega operativnega organa so zagotavljanje administrativne in tehnične pomoči za implementacijo Konvencije in njenih protokolov, odnosi z javnostmi, znanstveno-informacijska podpora ter podpora Sistemu opazovanja in informiranja v Alpah (SOIA). Stalni sekretariat ima glavni sedež v Innsbrucku (AT) in izpostavo v Bolzanu/Boznu (IT). Generalni sekretar je imenovan kot vodja Stalnega sekretariata.
Tematskim delovnim telesom (delovnim skupinam in odborom) predsedujejo posamezne pogodbenice (dve pogodbenici si lahko predsedstvo tudi delita), sestavljajo pa jih strokovnjaki, ki jih nominirajo pogodbenice. Delovne skupine navadno delujejo z dvoletnim mandatom, pri njihovem delu pa aktivno sodelujejo tudi organizacije opazovalke.